Le docteur Bouchenaki a rejoint l'UNESCO en 1981, en qualité de spécialiste des programmes, au sein de la Division du Patrimoine Culturel du Secteur de la Culture. En 1985, il est promu chef de la Section du fonctionnement et de la formation, avant d'être nommé Directeur de la Division en 1992. De février 1999 à septembre 2000, il remplace le Directeur du Centre du Patrimoine mondial en l'intérim. Il est nommé assistant Directeur Général pour la Culture le 1 novembre 2000 (en ayant préalablement assuré l'intérimaire dès le 1 janvier 2000).

Avant d'intégrer l'UNESCO, il a officié en tant que Directeur des Antiquités, des Musées et des Monuments historiques au sein du Ministère de la Culture et de l'Information, en Algérie; en tant qu'enseignant d'Histoire Antique à l'Université d'Alger; que conservateur en chef pour les Musées et les sites archéologiques d'Algérie; et en tant que Conservateur du Musée de Tipasa et Conservateur des sites archéologiques.

Le docteur Bouchenaki est l'auteur d'un grand nombre de travaux et d'articles sur la recherche archéologique et la protection de du patrimoine culturel.

Le docteur Bouchenaki a été élevé aux rangs de Chevalier des Arts et des Lettres et Officier des Arts et des Lettres par le Ministère français de la Culture; et s'est vu remettre les insignes de l'Ordre National du Mérite Culturel par le Président de la République de Tunisie. Il a été de la même façon honoré par le Ministère de la Culture de Pologne et du Viêt-Nam. En avril 2000, on lui a attribué le Prix ICCROM (le Centre International de l'Étude de la Conservation et de la Restauration de la Propriété Culturelle) en récompense de son travail pour le patrimoine culturel.

Dr Bouchenaki was raised to the honour of Chevalier des Arts et des Lettres and Officier des Arts et des Lettres by the French Ministry of Culture; by the President of the Republic of Tunisia to the Ordre National du Mérite Culturel. He was similarly honoured by the Ministry of Culture of Poland and Vietnam. In April 2000, he was awarded the ICCROM (International Centre for the Study of the Preservation and Restoration of Cultural Property) Prize for his work in the field of Cultural Heritage.

Le docteur Bouchenaki a été élu Directeur général d' ICCROM lors de sa 24ème Assemblée Générale, en novembre 2005.